résumé détaillé:Au cours des cinq années qui ont suivi son affrontement avec Ghidorah, Godzilla a maintenu la paix entre les humains et les titans et n'a plus réapparu. L'ingérence de Monarch depuis des années sur l'île du Crâne a fini par provoquer des ravages. Entre 2014 et 2024, les Iwis furent décimés par une tempête. Kong sauva Jia, une fillette sourde et dernière des Iwis de la tempête, et les deux sont devenus amis. La jeune fille fut ensuite recueillie par le Dr Ilene Andrews, présente depuis dix ans sur l'île. Kong et Godzilla sont tous deux des titans alpha et leurs ancêtres étaient autrefois ennemis. Pour éviter leur affrontement, Monarch a confiné Kong dans un dôme géant sur l'île. Le titan a bien grandit depuis 1973.
Bernie Hayes, un employé d'Apex Cybernetics (une société de robotique) et animateur du Podcast Vérité Titan, exfiltre des informations suggérant des activités sinistres contre les titans dans une installation de l'entreprise Apex de Pensacola, en Floride, lorsque Godzilla attaque soudainement. Profitant de la confusion, Bernie découvre un dispositif secret non identifié sur lequel Apex travaille.
En Floride, Madison Russell, fille du Dr Mark Russell (scientifique membre de Monarch) et fan du podcast de Bernie, se rend au camp d'urgence de Monarch installé à Pensacola. Elle cherche à convaincre son père que Godzilla n'a pas attaqué la base d'Apex sans raison. Cependant, Mark, tout comme le reste du monde, est persuadé que Godzilla est devenu une menace.
Walter Simmons (le PDG d'Apex) et Ren Serizawa, fils du Dr Ishiro Serizawa, se rendent dans une université de science théorique à Philadelphie en Pennsylvanie pour recruter le Dr Nathan Lind, un ancien scientifique de Monarch devenu un théoricien de la Terre creuse. Selon la théorie de ce dernier, cet endroit inexploré serait le berceau de tous les titans. Ils présentent à Nathan une imagerie magnétique de la Terre via l'un des nouveaux satellites d'Apex et prouvent l'existence de la Terre creuse. Nathan constate qu'une puissante source d'énergie alimente cet endroit. Walter et Ren veulent que Nathan les mène à cette énergie pour qu'Apex puisse l'exploiter et créer une arme capable d'affronter Godzilla. Nathan est d'abord hésitant, puisque son frère est mort lors d'une tentative de pénétration vers la Terre creuse à cause d'une inversion gravitationnelle. Pour le convaincre, Walter révèle qu'Apex a développé des vaisseaux capables de résister à une telle inversion : les VATC (Véhicules aériens de la Terre creuse). Nathan se rend sur l'île du Crâne pour rencontrer Ilene et la persuade d'utiliser Kong comme guide vers la source d'énergie.
Nathan, Ilene et leur équipe montent à bord d'une barge modifiée. Escortés par des navires de l'US Navy, ils transportent un Kong enchaîné et sédaté. Maia, la fille de Walter, les rejoint. Ils se dirigent vers l'Antarctique, où se trouve un tunnel vers la Terre creuse. Ils découvrent que Jia et Kong peuvent communiquer en langue des signes.
Madison engage son ami Josh Valentine pour enquêter sur la cause de l'attaque de Godzilla. Ensemble, ils parviennent à trouver Bernie.
En mer de Tasmanie, Godzilla attaque la flotte et vainc Kong. Cependant, ce dernier fait le mort tandis que les navires coupent leurs moteurs. Godzilla, pensant être victorieux, s'éloigne de la zone. Pendant ce temps, Madison, Josh et Bernie se faufilent dans la base d'Apex détruite, découvrant une installation secrète profondément sous terre. Ils sont enfermés par inadvertance dans une navette et transportés dans un conteneur transportant des œufs de rampants du Crâne à travers un tunnel souterrain jusqu'au quartier général d'Apex à Hong Kong.
Réalisant que Godzilla continuera de chasser Kong s'il est considéré comme une menace, Nathan décide de transporter Kong dans un filet porté par des hélicoptères. Une fois en Antarctique, Jia convainc Kong d'entrer dans le tunnel vers la Terre creuse. Les humains suivent dans trois VATC. Dans la Terre creuse, ils trouvent un écosystème similaire à celui de l'île du Crâne. En chemin, Kong est attaqué par Nozuki et Warbat (des serpents volants). Un VATC est détruit en vol. Kong finit par les tuer.
Au QG d'Apex, Madison, Josh et Bernie s'immiscent involontairement dans un test de Mechagodzilla, piloté télépathiquement par Ren via les réseaux neuronaux du crâne de Ghidorah (dont la tête avait été récupérée par Alan Jonah cinq ans auparavant). Le test est interrompu en raison du manque de puissance énergétique de Mechagodzilla.
Dans la Terre creuse, Kong conduit les deux VATC dans ce qui semble être la salle du trône de ses ancêtres et trouve une immense hache. Des faucons de l'enfer sont suspendus au sommet de la salle. Pendant ce temps, Godzilla débarque à Hong Kong. Sur son trône, Kong découvre que la hache s'illumine de la même couleur que le souffle atomique de Godzilla. Il pose la hache dans un fossé ayant la forme de celle-ci et soudain, tout autour du trône apparaît un géoglyphe sous la forme de Godzilla. Les deux équipes découvrent qu'il s'agit du noyau d'énergie et que la hache peut en absorber les radiations pour se recharger.
Sentant la source d'énergie, Godzilla utilise son souffle atomique pour créer un trou vers la salle du trône de Kong. Maia extrait un échantillon du noyau et envoie la signature énergétique au QG d'Apex. Ilene tente de persuader Maia de ne pas piller cette énergie. C'est alors que Maia et son équipe se retournent contre eux. Soudain, à cause du tremblement causé par Godzilla, les faucons de l'enfer s'agitent et attaquent Kong, qui les repousse. Godzilla réussit à créer un tunnel entre Hong Kong et la salle du trône de Kong. Maia et son équipe tentent de s'échapper mais Kong bloque le passage. Ils utilisent l'armement de leur VATC contre Kong, mais ce dernier attrape leur VATC et l'écrase, les tuant sur le coup. Kong, Nathan, Ilene et Jia s'échappent par le trou vers Hong Kong. Godzilla et Kong se battent à nouveau. Kong finit par dominer Godzilla. Selon Lind, Kong a remporté le « deuxième round ». Cependant, ils se battent bientôt à nouveau et Godzilla prend le dessus, neutralisant Kong avec brutalité. Contre toute attente, bien que vainqueur de ce combat, Godzilla épargne Kong, possiblement impressionné par la bravoure de son adversaire qui s'effondre.
Dans le QG d'Apex, Ren prévient Walter qu'ils n'ont pas testé la nouvelle énergie, mais Walter ignore son avertissement et lui ordonne d'activer Mechagodzilla. Bernie, Madison et Josh sont arrêtés par la sécurité et amenés à Walter. Mechagodzilla dysfonctionne sous l'influence de la source d'énergie et des réseaux neuronaux de Ghidorah. Le Mecha se déconnecte du pilotage de Ren et devient indépendant. Il tue Walter devant le trio alors que celui-ci avait commencé à expliquer son plan machiavélique. Simultanément, Ren, toujours intégré aux réseaux neuronaux de Ghidorah, est tué par une très forte électrocution.
Le titan alpha d'Apex émerge du pic Victoria en utilisant son souffle de proton. Il attaque la ville et Godzilla fonce sur lui. Josh essaie en vain de deviner le mot de passe sur la console pour arrêter Mechagodzilla via une liaison satellite.
Godzilla et le Mecha se battent mais Godzilla, déjà épuisé à la suite de son combat contre Kong, est surpassé par la puissance de feu du titan mécanique. Jia dit à Ilene et Nathan que Kong est à l'agonie après son combat contre Godzilla. Nathan se sert de leur VATC comme d'un défibrillateur et l'utilise pour réanimer Kong. Jia le convainc ensuite de s'allier à son ancien ennemi contre le Mecha.
Godzilla et Kong font équipe contre Mechagodzilla. Initialement surpassés, Godzilla et Kong reprennent l'avantage lorsque Josh verse le whisky de Bernie sur une console de contrôle, ce qui interrompt momentanément Mechagodzilla. Kong profite de ce court instant pour récupérer sa hache, que Godzilla recharge avec son souffle atomique. Kong la projette contre leur ennemi commun et détruit Mechagodzilla.
Bernie, Madison et Josh retrouvent Mark, tandis que Godzilla se lève en se dirigeant vers un Kong qui pense que le Roi des Monstres cherche à en découdre de nouveau. Les deux titans s'observent. Kong laisse tomber sa hache, mettant un terme à la guerre que se livraient leurs congénères des millénaires auparavant tandis que Godzilla rugit vers le ciel, témoignant son respect à son ancien rival et repart vers l'océan.
Quelque temps plus tard, Monarch a établi un poste de surveillance dans la Terre creuse, où Kong règne désormais.