Au XIIIe siècle, une armée de vampires dirigée par Marcus, Viktor et Amelia arrivent dans un village décimé par les loup-garous (à ne pas confondre avec les Lycans qui sont des mi-Loup-Garou, mi-humains). Après avoir éliminé les loup-garous, Viktor et Amelia capturent William, le frère jumeau de Marcus, devenu le plus puissant des loup-garous. Malgré l'opposition de Marcus, Viktor décide d'enfermer William dans un lieu tenu secret.
De nos jours. Après avoir tué Viktor, qui a assassiné ses parents, Selene, la guerrière vampire retrouve refuge dans un lieu de sécurité avec Michael, devenu hybride mi-vampire, mi-lycan, afin qu'elle puisse retourner au château faire face à Kraven, dont elle sait qu'il a l'intention de tuer Marcus. Mais toutefois, Marcus se réveille grâce au sang de Singe (scientifique des Lycans tué par Viktor), le transformant ainsi en un être hybride dominant. Kraven et ses hommes, qui se sont rendus dans la demeure des vampires, sont sauvagement assassinés par ce dernier qui détruit le château. Il apprend où se trouvent Selene et Michael grâce aux diverses caméras de surveillance se trouvant dans les divers bâtiments de sécurité afin de les traquer. Marcus les retrouve et les attaque, mais la guerrière et l'hybride parviennent à lui échapper à se cacher dans un entrepôt.
Pendant ce temps, un homme âgé et imposant du nom de Lorenz Macaro envoie une équipe de « nettoyage » pour enquêter sur les circonstances de la bataille dans le repaire des Lycans. Lorsque Macaro autopsie le corps de Viktor, qui a été récupéré sur les lieux, il découvre un disque en métal dans à sa cage thoracique lié au pendentif de Sonja, qui est en la possession de Selene et de Michael.
Sachant que le pendentif a une importance pour Marcus, Selene, dont des souvenirs commencent à resurgir grâce au pendentif, décide d'en savoir plus, en allant voir Andreas Tanis, historien banni du clan des vampires, qui lui révèle que Marcus est le premier vampire et non Viktor et également l'un des trois enfants d'Alexander Corvinus, le premier immortel. Marcus ayant été mordu par une chauve-souris est devenu un vampire, tandis que son frère jumeau, William, mordu par un loup, est devenu un lycan. Le troisième fils est celui qui a donné une descendance à la famille Corvinus, dont fait partie Michael. Ils apprennent également que les lycans étaient incapables de reprendre forme humaine et qu'en raison du caractère destructif de son frère, Marcus a approché Viktor, alors seigneur de la guerre vieillissant et mourant, lui offrant ainsi l'immortalité, ainsi qu'à son armée, chargé d'arrêter le Lycan et ceux transformés.
Marcus avait prévu de capturer William, mais Viktor a fait finalement enfermer William pour toujours et n'a pas tué les frères parce qu'il croyait que cela entraînerait la disparition immédiate de tous les autres vampires et des lycan, devenu esclaves. Tanis révèle également que le père de Selene a construit le tombeau de William et que le pendentif est une clef servant à ouvrir le tombeau. Après que Lucian se soit échappé, Viktor a fait éliminer la famille de la jeune femme car ils connaissaient le lieu d'enfermement, mais a fait transformer Selene en vampire.
L'historien donne à Selene les coordonnées de Lorenz Macaro, qui se révèle être Alexander Corvinus, réfugié dans un bateau. Il indique avoir consacré sa vie à contenir la guerre vampire-lycan loin du monde des mortels, mais refuse cependant de tuer son fils. Quand Marcus, après s'être rendu chez Tanis où il apprend la vérité en buvant son sang et en laissant inconscient, débarque dans le bateau où se trouve son père, il tue Michael et s'empare du pendentif en blessant gravement son père. Mourant, Corvinus donne de son sang à Selene, améliorant sa force physique et ses capacités de guérison à un niveau équivalent à celui d'un hybride, et lui demande d'arrêter son fils, car le réveil de William engendrerait une catastrophe pour l'humanité. Le vieil immortel se suicide en faisant sauter le bateau avec des explosifs.
Accompagné de l'équipe de nettoyeurs, Selene se rend au tombeau, endroit qu'elle connaissait bien, mais trop tard, car William est réveillé. Un combat s'ensuit, décimant toute l'équipe. Mais Michael, alors qu'il était présumé mort, se régènere subitement et saute de l'hélicoptère, se joignant dans la lutte sous sa forme hybride et finit par achever William, en lui arrachant la mâchoire. Selene tue Marcus, après l'avoir affronté, en le précipitant sur les pales tournantes de l'hélicoptère écrasé.
Les amants triomphent et lèvent ainsi une malédiction, permettant à Selene de voir la lumière du jour et de vivre sans être blessée par le soleil, grâce au sang d'Alexander Corvinus.